Die Karte wird zwar als zwei Slot gelistet, nimmt jedoch drei Slots ein. Zu deiner Frage: Die Karte sollte ohne Probleme in das Gehäuse passen. Weitere PCI-E Karten werden danach jedoch keinen Platz mehr finden.

Ich habe die Grafikkarte zuletzt im Cooler Master Silencio 550 Matt (Midi Tower, Schwarz) eingebaut und musste den mittleren Festplattenkäfig dafür ausbauen (Bild vom Cooler Master -> http://abload.de/img...). Wenn ich das Bild vom Fractal Define Mini ansehe würde ich vorauswerfen, dass die Karte möglicherweise nicht hineinpasst, da die Grafikkarte knapp die Höhe von 3 PCI-Slots einnimmt (Bild vom Fractal -> http://abload.de/img...) und beiden Käfigen in den Weg kommt.
Vielleicht ist es möglich im Fractal den kleinen Käfig mit dem unteren Käfig zu tauschen und auf den grossen Käfig ganz zu verzichten. Die Modularität von diesem Gehäuse kann ich nicht beurteilen, bzw. ob die Karte dann hineinpasst.