Het jaar is 1962, JFK is president en de Koude Oorlog heeft de natie in angst gebracht - maar een veel machtiger vijand dan het communisme bedreigt Amerika. Slechts enkele uitverkorenen weten het, maar een geheime overheidsinstantie genaamd The Bureau begint een reeks mysterieuze aanvallen door een bovennatuurlijke vijand te onderzoeken en te verdoezelen. Als speciale agent William Carter nemen de spelers beslissingen, trekken de trekker over en leiden hun team in een meeslepende third-person tactische shooter die zich afspeelt in een hoogrisico, geheime oorlog ter bescherming van de mensheid. De missie van The Bureau is duidelijk - overleven, zich aanpassen en de bedreiging van de vijand overwinnen. The Bureau heeft decennialang de waarheid gewist. De tijd zal komen dat de waarheid aan het licht komt.