Batman: Arkham Origins biedt een uitgebreid Gotham City en introduceert een originele prequel-verhaallijn die zich enkele jaren voor Batman: Arkham Asylum en Batman: Arkham City afspeelt.

De gebeurtenissen vinden plaats voordat de meest gevaarlijke criminelen, schurken en huurmoordenaars van Gotham City opkomen, en spelers zullen veel belangrijke personages voor het eerst ontmoeten.

Het spel toont een jonge, onbewerkte Batman terwijl hij een bepalend moment in zijn vroege carrière als misdaadbestrijders ondergaat, wat zijn pad naar het worden van de Dark Knight bepaalt. Terwijl het verhaal zich ontvouwt, zie je identiteiten zich vormen en belangrijke relaties worden gesmeed.