Heart of the Woods is een fantasy-yuri-visual novel over paranormale onderzoeken, oude geheimen en een liefde tussen twee meisjes die verder gaat dan leven en dood.

Maddie Raines heeft er genoeg van. Nadat ze jarenlang als manager, redacteur en algemene bedrijfsmanager voor het populaire paranormale vlog-kanaal van haar beste vriendin Tara heeft gewerkt, is ze eindelijk klaar om haar eigen leven op te pakken. Maar wanneer ze instemt om een laatste reis met Tara te maken naar het mysterieuze dorp Eysenfeld, wordt ze plotseling in een gevaarlijke bovennatuurlijke crisis getrokken die de loop van hun leven voor altijd zal veranderen. Een vreemde jonge vrouw genaamd Morgan heeft hen onbetwistbare bewijzen beloofd voor echte paranormale fenomenen, en wat ze te bieden heeft, overtreft alles wat ze ooit eerder hebben gezien.

Van al de vreemde gebeurtenissen waarvan de drie getuige zijn, trekt vooral één ding Maddie op een manier aan die ze nog nooit eerder heeft ervaren: de geest van een jonge vrouw. Deze vrouw is Abigail, het slachtoffer van een eeuwenoude onrechtvaardigheid, die nu voor altijd aan het bos rond Eysenfeld gebonden is. Abigail voelt zich op een onverklaarbare manier tot Maddie aangetrokken en onthult zich voor het eerst in meer dan 200 jaar aan een ander mens.

Terwijl Tara en Morgan de geheimen rond het dorp zelf onderzoeken, begint Maddie een band op te bouwen met Abigail die intenser is dan elke band die ze tot nu toe heeft gevoeld. Wanneer ze de waarheid over Abigails dood en gevangenschap ontdekt, wordt haar duidelijk dat het aan haar en haar vrienden is om de vloek te verbreken die al eeuwen over Eysenfeld heerst. Maar nog belangrijker: het is aan haar om de vrouw van wie ze houdt eindelijk te bevrijden.