Op een zeereis komt Link in een storm terecht, lijdt schipbreuk en spoelt aan op het strand van Cocolint Island. Om naar huis terug te keren moet hij uitdagende kerkers beheersen en angstaanjagende monsters verslaan.

De nieuwe versie van het klassieke spel pakt veel elementen op die de Game Boy titel al onderscheidend maakten - zoals de 2D platformer-achtige kamers of de verschijningen van personages die eigenlijk niet tot de The Legend of Zelda serie behoren.