Alle hens aan dek voor een eiland-hop avontuur met Mario en Luigi! De broers keren terug voor een gloednieuw avontuur op volle zee! Zeil met Mario en Luigi op Shipshape Island (deels schip, deels eiland) en reis door de wijde wereld van Concordia. Vertrek in het kanon van Shipshape om eilanden te bezoeken, te verkennen en te doorkruisen, variërend van tropische regenwouden tot bruisende steden. Onderweg ontmoet je nieuwe vrienden zoals Connie en Snoutlet (die beslist geen varken is) en kom je bekende gezichten uit het Paddenstoelenrijk tegen, zoals Peach en Bowser, die je kunnen helpen op je reis. Om te slagen moet je vertrouwen op de broederlijke band tussen Mario en Luigi. Gebruik bro moves om obstakels te overwinnen terwijl je op verkenning gaat, en krachtige bro aanvallen in een dynamische variatie van turn-based gevechten. Je hebt elk voordeel nodig dat deze "broederschap" je geeft om de dag te redden!