Metroid Prime 4: Beyond plaatst de spelervaring centraal en vertrouwt op een beproefde mix van verkenning, gevechten en de voortdurende uitbreiding van de eigen mogelijkheden. Gedurende het avontuur neem je de rol aan van Samus Aran, die is uitgerust met haar pak en een verscheidenheid aan uitbreidbare functies. De spelwereld bestaat uit uitgestrekte met elkaar verbonden gebieden die verschillende thema's en uitdagingen bieden. Elke omgeving is zo ontworpen dat deze uitnodigt tot ontdekking en geleidelijk nieuwe toegangsmogelijkheden biedt door middel van nieuwe vaardigheden. Typisch voor de serie is het zogenaamde "Metroidvania"-principe, waarbij vooruitgang is gebonden aan het ontgrendelen van uitrusting en wapens. Hierdoor worden terugwegen interessant en kunnen bekende locaties opnieuw worden verkend met nieuwe mogelijkheden. In de strijd staan precisie en tactiek centraal. Verschillende vijanden vereisen het gebruik van specifieke wapentypes of strategieën, terwijl eindbaasgevechten als hoogtepunten speciale aandacht en reactievermogen vereisen. Door slim te wisselen tussen verschillende stralen, raketten of close-combat vaardigheden kan je je aanpak flexibel aanpassen.